VFS: cannot open root device

If you’re trying to install gentoo on VMWare (or on any machine with a SCSI-harddrive), you might get the following error after settup up grub and rebooting for the first time:

VFS: cannot open root device "sda3" on unknown-block(0,0) 
Please append a correct "root=" boot option 
Kernel-Panic not syncing: VFS: unable to mount root fs on unknown-block(0,0)

If this is the case don’t panic: You forgot to include SCSI-Drive-Support when you compiled the kernel (and VMWare uses such a driver). Just reboot from install-CD again, mount everything, chroot and configure your kernel again, this time loading the SCSI-Drive-Support stuff:

Device Drivers  --->
  Fusion MPT device support  --->
      Fusion MPT (base + ScsiHost) drivers
     OR
      Fusion MPT ScsiHost drivers for SPI [kernel 2.6.13]
Device Drivers  --->
  SCSI device support  --->
      SCSI device support
      SCSI disk support
         SCSI low-level drivers  --->
             SYM53C8XX Version 2 SCSI support
Device Drivers  --->
  SCSI device support  --->
      SCSI device support
        SCSI disk support
           SCSI low-level drivers  --->
               BusLogic SCSI support

(via)

Be sure not to include them as a Module (M), but completely (*). Compile your kernel, reboot and it should be fine.

Addendum: It is also advisable to include doscsi as a boot parameter in your grub config, e.g.

kernel /boot/kernel-3.4.9-gentoo root=/dev/sda3 doscsi
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font shape undefined for symbol `quotedblbase’

I’ve been moving my LaTeX to XeTeX these days and have had to cope with the error above for some time. What is happening? XeTeX is not able to load the particular glyph for the symbol \quotedblbase. Said symbol corresponds to the low double quote, which is the opening double quote in German. This inability of XeTeX in loading the symbol is due to the font seemingly not providing such a glyph in the given font shape (the shape would be regular here). XeTeX does now uses the glyph from the Computer Modern font, which is the default font in LaTeX, instead.

I tried now to make XeTeX use a different font, which is more alike to the one I’ve been using for the whole document, for this particular character. Thus making it unnoticeable, that the glyph is missing in my chosen font. You are able to accomplish this fairly easy in XeTeX using the fontspec package and the \XeTeXcharclass command. I am not going into detail here. Why? Because it is apparently impossible to replace the symbol \quotedblbase. I tried using the unicode character numbers (201E), the plain symbol („) and the command \quotedblbase, but it changed nothing and the error still appeared in my log.

The error seemed to actually be something completely different. The unicode character 201E, which really is the glyph XeTeX complains about, is not the symbol XeTeX is trying to load somehow. After some research I even found out that the apparently missing glyph is actually existing in the font shape I was using. So what was this error all about?

After another hour’s research I finally got to the point of solving the mystery. The glyph is not missing in the font. It is just some weird error of using csquotes, the package responsible for loading the glyph, and babel together when using XeTeX. When I switched to the package polyglossia (which is recommended for use with XeTeX instead of babel anyway), the error disappeard. And the quotes finally became the glyphs of the font I’ve been using and not the Computer Modern replacements.

Weird error, simple solution. People, use polyglossia with XeTeX instead of babel and safe yourself some unnecessary trouble!

It’s always important to keep that in mind and to not overestimate what our models actually say.

"If I can't picture it, I can't understand it."

Below is a link to a great article on the science of statistics by George E. P. Box, where he mentions, and develops, his famous dictum that “all models are wrong” (qualifying it with the fact of their usefulness – “all models are wrong, but some are useful”, though this does not appear in the article varbatim)

Drawing examples from the work of another famous statistician, R.A. Fisher, George Box includes valuable lessons for data analysts (as relevant today as back then), such as:bimodal

  • the importance of focusing on both theory and practice in statistical work, especially academic
  • the ability to “devise simple but evocative models”
  • not falling in love with your models (borrowing the metaphor of Pygmalion from Francis Bacon)
  • resisting the temptations of “cookbookery” and “mathematistry”

Box first talks about the scientific method as a continual iteration between theory and practice (deduction and induction), and then illustrates this…

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Error: package ‘Rcompression’ is not installed for ‘arch=i386’

* installing *source* package ‘ROpenOffice’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
Error : package ‘Rcompression’ is not installed for 'arch=i386'
Fehler: Laden fehlgeschlagen
Ausführung angehalten
*** arch - x86_64
Fehler: loading failed for ‘i386’

For some time now, I have been unable to get around this error message when manually compiling and installing R-packages from source. Evidently is R both as 32- and 64-Bit binary on my system, but of the two I only use the latter. When trying now to install those 64-bit-packages from source, some packages seem to want to compile their 32-bit equivalents as well and abort, when some of their dependencies are not installed as a 32-bit binary, but only as a 64-bit one.

During research I now came across a way to install the needed dependencies manually over the command line:

R CMD INSTALL Rcompression_0.93-2.tar.gz

Of course, this simple step did not solve the problem, since this is very same command R uses, when I try to install packages from source via the user interface. This is still of use, however, if one knows how to choose the architecture for installation with this command.

R --arch=x86_64 CMD INSTALL Rcompression_0.93-2.tar.gz

Now only the 64-bit part of the package will be installed and compiled. But my 64-bit package aborted because it also needed the 32-bit part of this dependency-package for compilation in addition to the 64-bit part. How do I manage that?

R --arch=x86_64 CMD INSTALL Rcompression_0.93-2.tar.gz
R --arch=i386 CMD INSTALL --libs-only Rcompression_0.93-2.tar.gz

The first command will install the normal 64-bit libs and binaries for the package. And the second command will only install the 32-bit libs, but not the 32-bit binaries, thereby NOT overwriting the 64-bit ones. Very important, of course, is to add the --libs-only for the architecture you do NOT want to use afterwards, but just install for the other package to be happy.

Et voilà! It works:

** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
*** arch - x86_64
* DONE (ROpenOffice)

Chicago Manual of Style: Erstzeileneinzug Ja/Nein?

Ich habe mir letztens die Frage gestellt, ob denn laut unserem lieblings Standardwerk, dem Chicago Manual of Style, der erste Absatz eines Kapital eingezogen werden soll oder nicht? Der erste Absatz hat ja normalerweise keinen Text direkt dadrüber, sondern meist eine Überschrift und die mit etwas Abstand, daher ist dieser nicht zwingend Notwendig für die Übersichtlichkeit, aber aus Gründen der Konsequenz könnte man ja meinen, dass man entweder jeden oder garkeinen Absatz einzieht.

Da diese Frage im Manual nicht vorkommt, wie ich nach fast einstündiger Recherche dann resigniert feststellen musste, habe ich mich entgegen meinen guten Vorsätzen dann doch im Internet auf die Suche gemacht. Und ich habe eine – sogar offizielle – Stellungnahme dazu gefunden, nämlich in der Q&A-Section (Fragen- und Antworten) der Onlineseite des Manuals:

Either way is fine. Your friends are doing the designer’s and typesetter’s work in anticipation of typesetting, since most printed texts feature a flush first paragraph. But this is a design decision, and a writer needn’t assume that the decision has already been made.

(Chicago Style Q&A: Manuscript Preparation)

Demnach ist dies der Entscheidung des Schriftsetzers (neudeutsch: Designer) überlassen. Beides wird häufig gemacht, beides ist richtig. Bücher haben selten den Erstzeileneinzug, Zeitungen fast immer. Dies könnte auch der Grund sein, warum das nicht im Manual selbst steht. Warum in einem zweitausendseitigen Buch denn auch noch das aufnehmen, wofür es keine Regeln gibt?

Biblatex-chicago und mehrere Herausgeber

Für meine Literaturverzeichnisse benutze ich derzeit biblatex-chicago, dabei handelt es sich um eine modifizierte Variante von biblatex, die Literaturverzeichnisse und Zitierungen nach dem Standard das Chicago Manual of Style formatiert. Ein einfaches biblatex-Style scheint dies nicht leisten zu können, die Änderungen scheinen so umfangreich zu sein, dass man dafür ein eigenes Paket benötigt.

In diesem Beitrag geht es um folgendes Buch:

Wie wir sehen ist das Buch wiederum Teil eines anderen Buches mit mehreren Herausgebern. Es handelt sich also um den Teil einer Sammlung, wenn man so will. Biblatex schlägt dafür die Klasse InCollection vor, so habe ich diese auch verwendet. Nun zum eigentlichen Problem: Der Eintrag oben ist schon der richtige fertige Eintrag im Literaturverzeichnis, nach einigen manuellen Änderungen meinerseits. Vorher sah die Sache nämlich so aus, dass dort wo jetzt „hrsg. von“ steht lediglich „hrsg.“ stand, was in der Satzstellung so keinen Sinn ergibt. Um dieses Problem nun zu beheben, müssen manuelle Änderungen an den Sourcedateien von biblatex-chicago durchgeführt werden. (Es handelt sich zugegeben um einen relativ dreckigen hack.)

Man muss nun in der Sprachdatei cms-german.lbx des Pakets unter /usr/local/texlive/2011/texmf-dist/tex/latex/biblatex-chicago (bei TeXLive) die Zeile 357 durch folgendes ersetzen:

cbyeditor = {{hrsg\adddotspace von}{hrsg\adddotspace von}},

da in der Originalversion hier das „von“ fehlt. Und voilà es sieht aus wie auf obigem Bild. Auf Mac (und Windows auch, je nach Einstellung) muss man drauf achten, dass man die Sourcefiles nur als Administrator bearbeiten kann. Ein Backup schadet auch nicht.

Für Interessierte noch der BibTeX-Source des obigen Eintrags:

@INCOLLECTION{Shephard1996,
author = {Shephard, N.},
title = {\mkbibquote{Statistical aspects of ARCH and stochastic volatility}},
booktitle = {{Time Series Models: In Econometrics, Finance and Other Fields}},
publisher = {Chapman \& Hill},
year = {1996},
editor = {Cox, D.~R. and Hinkley, D.~V. and Barndorff-Nielsen, O.~E.},
address = {New York}
}

xtable – Zellen highlighten

Als ich gestern Abend Nacht mal wieder über R saß, dachte ich mir, wie wundervoll es doch sei, wenn ich in mit xtable zu LaTeX exportierten Tabellen auch Zellen highlighten könnte. Nach kurzer Google Recherche stolperte ich über ein fast perfektes Snippet, dass diese Funktion implementiert und das ich doch glatt mal sharen wollte. Also für jeden, der sich schon gefragt hat, wie das geht:

printbold – R-Funktion als Ersatz für xtable->print (github)

Man schreibt dann anstatt print(xtable(x)) einfach printbold(xtable(x)). Die Funktion hat auch drei neue Optionen:

  1. max=TRUE gibt an, ob Maximum oder Minimum gehighlighted werden soll.
  2. Statt dessen kann auch x>=7.5 o.ä. angegeben werden. Dann werden entsprechende Zellen gehighlighted.
  3. Ebenso kann einfach ein Vektor mit den Werten übergeben werden, die hervorgehoben werden sollen.

In Zeile 78 ist dann der LaTeX bzw. in Zeile 80 der HTML-Code der über die in Frage kommenden Zellen geworfen wird. Hier ist per Default Fettdruck eingestellt, aber wer gerne andere Formatierungen haben will, kann sich hier entsprechender Pakete/Befehle bedienen.

Ein weiterer Schritt von automatisiert zu schön+automatisiert 🙂

ps. Hier ein Beispiel:

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